AGENHOKI merupakan badan internal Perguruan Tinggi yang yang bertujuan menyusun, mempertahankan dan meningkatkan mutu, baik di bidang akademik, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, serta bidang pendukung lainnya. Sistem Penjaminan Mutu Internal Akademi Farmasi Samarinda merupakan kegiatan sistematik penjaminan mutu pendidikan tinggi untuk mengawasi penyelenggaraan pendidikan secara berkelanjutan.